Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах прошлого. Но покой ему только снится: жителей планеты начинает поражать странная болезнь, а в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Кададж, явно замышляющий дурное. И его недобрые планы как-то связаны с беззащитными сиротами....

В прошлом великий герой Сефирот уничтожил деревню, в которую он пришёл вместе с Заком и Клаудом в поисках матери, после чего направился в горы к реактору Мако, где находится его мать Женова. Беспокоясь об отце, туда побежала девушка Тифа Локхарт, а потом солдаты Зак и Клауд....