После окончания войны с Ганделией наступают мирные дни. Однако спустя год Дэну начинают сниться кошмары о загадочной персоне по имени МагМелл. Помимо этого у Драго возникают проблемы с контролем своей силы после последней эволюции, из-за чего он призывает загадочного мектогана по имени Зентон. На беду в Бакуган Интерспейс появляются новые звёзды: Анубиас и Селлон, способные сбросить Дэна с позиции сильнейшего бойца Бакуган....

Дэн, Маручо и Шун попадают в войну между двумя планетами Ниатией и Гандэлией. Гандэлия использует Бакуганов и людей в войне за покорение Ниатии. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами: принцессой Ниатии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандэлианцем Рэном, чтобы остановить воинов Гандэлии и Двенадцать приказов, а также спасти от уничтожения Ниатию и, возможно, Землю......