В 2199 году инопланетная раса из Империи Гамилус во главе с Лордом Деслером нападает на Землю, чтобы завоевать её. Поскольку их родной атмосферой является радиация, то они обстреливают радиоактивными астероидами поверхность планеты, делая в итоге жизнь на её поверхности непригодной для людей, из-за чего человечество вынуждено уйти под землю. Однако радиация оказывает своё разрушительное влияние даже на подземные города. Тем временем на Марсе терпит крушение космический корабль другой...

...

Год 2201, Земля почти восстановилась после войны с Гамилусом и начала экспансию на планеты солнечной системы. Корабль Земли получает сигнал от женщины по имени Тереза о надвигающейся опасности. На этот раз героям предстоит столкнуться с зловещей Империей Белой Кометы, цивилизации с галактики Андромеда, которая завоевывает всех на своем пути. Старая команда Ямато вновь собирается и угоняет крейсер чтобы противостоять новому врагу. Но смогут ли они одолеть противника против которого даже главное...