В 2199 году инопланетная раса из Империи Гамилус во главе с Лордом Деслером нападает на Землю, чтобы завоевать её. Поскольку их родной атмосферой является радиация, то они обстреливают радиоактивными астероидами поверхность планеты, делая в итоге жизнь на её поверхности непригодной для людей, из-за чего человечество вынуждено уйти под землю. Однако радиация оказывает своё разрушительное влияние даже на подземные города. Тем временем на Марсе терпит крушение космический корабль другой...

Экипажу космического крейсера «Ямато» вновь приходится защищать планету от нападений красноглазых штурмовиков Тёмной империи, силы которой со времени последнего поражения значительно возросли. На сей раз пришельцы угрожают Земле огромной бомбой....

...

Американский ученый конструирует лазерный спутник, надеясь таким образом предотвратить ядерные конфликты, но вместо этого провоцирует новый виток гонки вооружений....

Год 2201, Земля почти восстановилась после войны с Гамилусом и начала экспансию на планеты солнечной системы. Корабль Земли получает сигнал от женщины по имени Тереза о надвигающейся опасности. На этот раз героям предстоит столкнуться с зловещей Империей Белой Кометы, цивилизации с галактики Андромеда, которая завоевывает всех на своем пути. Старая команда Ямато вновь собирается и угоняет крейсер чтобы противостоять новому врагу. Но смогут ли они одолеть противника против которого даже главное...

После сражения с Империей Кометы «Ямато» возвращается на Землю. К его экипажу присоединяется несколько новых членов. Деслер летит на Гамилус, чтобы отдать дань памяти родной планете, и сталкивается с флотом империи Черной Туманности, который занимается на планете добычей руды. Империя Черной Туманности собирается напасть на Искандар, и Деслер обращается за помощью к Кодаю и экипажу «Ямато», чтобы спасти королеву Старсию....